"Θεσπρωτών και Μολοσσών μετά τον κατακλυσμόν ιστορούσι Φαέθοντα βασιλεύσαι πρώτον ένα των μετά Πελασγού παραγενομένων εις την Ήπειρον ένιοι δε Δευκαλίωνα και Πύρραν"
[Πλουτάρχου Πυρρός, παράγρ. 1]
Σύμφωνα με τους αρχαίους συγγραφείς οι Θεσπρωτοί είναι απόγονοι των Πελασγών ή του Δευκαλίωνα και της Πύρρας απ΄ τους οποίους γεννήθηκε ο Έλλην, ο γενάρχης των Ελλήνων. Απ' τη Θεσπρωτία οι Έλληνες μετοίκησαν στη Θεσσαλία, στη Φθία και στην υπόλοιπη Ελλάδα.
Στα κείμενα των αρχαίων συγγραφέων η ιστορική αλήθεια καλύπτεται από τον μύθο, ωστόσο ίσως είναι αλήθεια ότι η Θεσπρωτία είναι η κοιτίδα του Ελληνισμού. Άλλωστε μία από τις σπουδαιότερες προϊστορικές πολιτείες της ήταν η Έλλα.
Η Θεσπρωτία στα αρχαία χρόνια είχε περίπου την ίδια έκταση με σήμερα, αλλά το όριό της στο νότο ήταν ο ποταμός Αχέροντας και τα Κασώπεια όρη. Οι Θεσπρωτοί ήταν αρχαίο ελληνικό φύλο εγκατεστημένο στην περιοχή της Ηπείρου. Ήταν ένα από τα κύρια ελληνικά φύλα της περιοχής μαζί με τους Μολοσσούς και τους Χάονες. Ο Όμηρος αναφέρεται συχνά στη Θεσπρωτία (τη γη δηλαδή των Θεσπρωτών) , η οποία είχε φιλικές σχέσεις με την Ιθάκη και το Δουλίχι.
Κοντά στις εκβολές του Αχέροντα ήταν άλλη μια σπουδαία προϊστορική πόλη, η Εφύρα, ιδρυμένη από τον Εφύρο, απόγονο του Θεσπρωτού.
Σ' αυτή την περιοχή βρίσκεται και το περίφημο Νεκρομαντείο, ( ανακαλύφθηκε από τους Σ. Δάκαρη και Σ. Μουσελίμη το 1958) όπου οι ζωντανοί έρχονταν σε επαφή με τις ψυχές των νεκρών. Εκεί βρισκόταν και το βασίλειο του Άδη που είχε τις πόλεις του στην Αχερουσία λίμνη. Η λίμνη αυτή μάζευε τα νερά του Αχέροντα, του Κωκυτού (ποταμός της Παραμυθιάς) και της Στύγας (πηγής στο βουνό Ερημίτη απ΄ όπου έπιναν νερό οι αθάνατοι θεοί).
Όταν στην Εφύρα, που ονομαζόταν και Κίχυρος, βασιλιάς ήταν ο Αηδονέας ήρθαν εναντίον του ο Θησέας με τον φίλο του Περίθοο για να κλέψουν την γυναίκα του βασιλιά των Θεσπρωτών. Ο Αηδονέας όμως τους έπιασε και τους φυλάκισε για να ελευθερωθούν από τον Ηρακλή όταν κατέβηκε στον Άδη για να πάρει τον Κέρβερο , το τρομερό σκυλί που φύλαγε τις πύλες του Άδη. Στους προϊστορικούς χρόνους ο Στράβων αναφέρει ως μεγαλύτερες πόλεις εκτός από την Κίχυρο, την Πανδοσία (στο σημερινό Καστρί του Φαναρίου), την Ελλάτρια και τις Βατίες.
Σύμφωνα με την Τηλεγόνεια (έργο του Κυρηναίου ποιητή Ευγάμμονα, περίπου 586 π.Χ., που ανήκει στον Τρωικό Επικό Κύκλο, θεωρείται μέρος της Οδύσσειας και περιγράφει τις περιπλανήσεις του Οδυσσέα και όσα επακολούθησαν μετά την μνηστηροφονία), ο Οδυσσέας επισκέφτηκε τη Θεσπρωτία και παρέμεινε για λίγα χρόνια εκεί. Παντρεύτηκε τη βασίλισσα της Θεσπρωτίας Καλλιδίκη, και έκαναν έναν γιο, τον Πολυποίτη. Ο Οδυσσέας ηγήθηκε των Θεσπρωτών ενάντια των Βρυγών, αλλά έχασε τη μάχη καθώς ο Άρης, ο θεός του πολέμου, ήταν με το μέρος των Βρυγών. Η Αθηνά επενέβη υπέρ του Οδυσσέα, προκαλώντας τον Άρη σε μια ακόμη σύγκρουση, την οποία απέτρεψε ο Απόλλωνας. Όταν η Καλλιδίκη πέθανε, ο Οδυσσέας επέστρεψε και πάλι στην Ιθάκη, αφήνοντας τον γιο του, Πολυποίτη, να βασιλεύσει στη Θεσπρωτία...